W podręcznikowo urządzonym średniowiecznym mieście po przekątnej Rynku powinien stać kościół parafialny. Stare Miasto toruńskie nie jest jednak modelowym przykładem. Ponieważ rozrastało się etapami, w początkach istnienia głównym placem miasta był teren, na którym stoją święci Janowie, natomiast Pannę Marię budowano na wzgórzu, w pewnym wówczas oddaleniu od umocnień Torunia. Legenda głosi, że kościół ufundowano w miejscu, w którym objawiła się Matka Boska. Oglądaną dziś świątynię budowano jakieś sto pięćdziesiąt lat i jest to najpewniej już piąty obiekt stojący w tym miejscu. Od początku istnienia, aż po czasy reformacji, kościół służył franciszkanom.
Zastanawia konstrukcja, jaką zastosowano podczas wznoszenia budowli. Naturalnym dla wszystkich konstruktorów dawnych kościołów był fakt, że siła sklepień rozpiera ściany na boki. W tym celu opinano je przyporami, by to one przejęły impet pracujących sklepień. Kiedy jednak przyjrzeć się Pannie Marii, ściany korpusu pozbawione są gęstego rytmu szkarp. Więcej – ich konstrukcje pozornie osłabiają wielkie, wysokie na dwadzieścia metrów okna. Jak to się trzyma – ciśnie się do głów i na usta? System przypór wprowadzono do środka, czyniąc tym samym architektoniczny precedens, rozwinięty później między innymi w Gdańsku, w tamtejszym kościele Mariackim i również franciszkańskiej Trójcy Świętej.
Zgodnie z regułą, kościoły franciszkańskie nie mogły posiadać wież. Mimo tego – bryła świątyni i tak dominuje w pejzażu zachodniej części Starego Miasta. Na czubku środkowej wieżyczki szczytu wieńczącego prezbiterium uwagę przykuwa krzyż osadzony na blaszanej kuli. W jej wnętrzu umieszczono skręcone bydlęce jelito. Reagując na wilgotność powietrza, kręci się raz w jedną, raz w drugą stronę, obracając krzyżem. Gdy ten ustawiony jest równolegle do ulicy, możemy być pewni pięknej pogody. Gdy ustawia się prostopadle, aura zapewne się załamie.
Po czasach, gdy kościołem gospodarowali franciszkanie, zachowało się sporo pamiątek. Stojące w prezbiterium stalle to wykwit kunsztu i geniuszu niegdysiejszych majstrów. Dębowe, liczące przeszło sześć wieków ławy, zachwycają szczegółem. Żaden z zaplecków nie powtarza ornamentyki poprzedniego - wielki arsenał detalu w służbie harmonii! Stalle to nie tylko mebel, ale też pisana w dębinie opowieść – czytelny i przejmujący moralitet. Oto w jednym miejscu pojawia się historia fałszywego kaznodziei. Zaklęto go w ciało lisa, który z przejęciem głosi słowo zgromadzonym gąskom. Te jednak, wbrew przyjętym przekonaniom, nie są aż tak głupie. Prędko poznają się na prawdziwych intencjach liska Przechery, wieszając go za karę na suchej gałęzi!
Po franciszkanach został też imponujący zespół malowideł - wprowadzone do wnętrza przypory ozdobiono wizerunkami świętych. To elegancki i dość skomplikowany w swym przekazie element wystroju. Przy wschodnim wejściu do kościoła witają nas Archaniołowie, flankujący koronowaną Matkę Boską, otoczoną dziewięcioma kręgami anielskiej chwały. Dalej - Kościół Męczenników z przywiązanym do kolumny, biczowanym Chrystusem. Bliska franciszkańskiej pobożności metafora przyrównuje Go do krzewu winnego, który robotnicy wsparli tyczką. Boleściwa Matka Boska, św. Szczepan, Andrzej i Wawrzyniec. Szereg świętych zamykają Maria Magdalena i Elżbieta Turyńska. Szczególnie ta ostatnia, obok Jadwigi Śląskiej, bliska była Krzyżakom. Mamy więc do czynienia z mieszaniną pobożności franciszkańskiej z „ich” męczennikami, krzyżackiej oraz mieszczańskiej – ze świętym Krzysztofem, jednym z patronów stale przemieszczającym się kupców i rzemieślników
W czasie, gdy kościół służył protestantom, w jego podziemiach pochowano niezwykłą kobietę. Mowa o siostrze króla Zygmunta III – Annie z rodu Wazów. Bez przesady nazwać ją można kobietą nieszczęśliwą. Poczęta we więzieniu, całe życie nie mogła sobie znaleźć męża, by i po śmierci nie zaznać spokoju. Dość trzeba, że chowano ją w sumie trzy razy! Rozłóżmy nieszczęśliwość na czynniki pierwsze. Problemy natury matrymonialnej zawdzięczała Anna ponadprzeciętnej kondycji intelektualnej. Była po prostu zbyt mądra, a to – jak wiadomo – skutecznie zniechęca kandydatów do ręki. Władała biegle ośmioma językami, a wielkie zamiłowanie, którym darzyła botanikę, zaowocowało stworzeniem pierwszego polskiego zielnika. To Wazównie zawdzięczamy też popularyzacje tytoniu na naszych ziemiach. Do nieszczęść pośmiertnych przyczyniła się natomiast kondycja materialna. Krótko po tym, gdy królewna zmarła i pochowano ją w Brodnicy, do miasta wdarli się szwedzcy żołnierze. Trwała wojna o ujście Wisły. Już tylko weszli do miasta, a zaraz byli w krypcie swej krajanki, plądrując pochówek. Anna miała na sobie bogatą biżuterię, słynną pośród współczesnych. Ponieważ bransoleta nie chciała zsunąć się z królewskiego nadgarstka, żołnierze bez zawahania odrąbali rękę, zabierając ją razem z kosztownościami. Jedenaście lat po śmierci, staraniem bratanka, króla Władysława IV, ciotka trafiła do Torunia, gdzie w najważniejszym wówczas kościele protestanckim znalazła miejsce spoczynku. Cóż to jednak był za spoczynek, skoro co rusz, wszelkie armie nawiedzające miasto podczas dziejowych zawieruch, wygrzebywały Annę z krypty, by sprawdzić, czy nie ma przypadkiem czego cennego przy sobie… Dopiero w roku 1995 pochowano królewnę po raz trzeci. Odtąd nikt jej nie przeszkadza.
